1.民办高校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育部行政规章设立的。独立学院一定是本科，而民办高校专本科都有。
2.独立学院的举办方一定是普通高校，合作方是社会力量，而民办则只有社会力量作为举办者，这是区分两者的最简单的一点。
3.民办就是有自己的`校名，自己组织机构，自己的师资，自己的校园，自己独立颁发毕业证书。
4.独立学院一般设在某个大学名下。比如山西大学商务学院，海南大学三亚学院等，这些学院，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流，而民办学院没有这方面的优势。
两者都是企业法人性质，有独立的财政体系，自付盈亏，处于全部自费状态。
5.独立学院可以毕业时，如果成绩好可以推荐使用挂名院校的毕业证。这种毕业证可能也略有差别。比如北大本校毕业生领取红色的毕业证，而独立学院的北大毕业证是蓝色的。