嘉靖四十四年（1565年），有光第九次去参加会试。事前他已不抱任何希望了。再过一年他就六十岁了，这是他最后一次进入科场，倘若再不取，他就打算回乡安心教书养老，不再有入仕的企图。就在灰心之际，希望之门却徐徐为他启开了。
这次主考官是高拱，副主考余有丁。余有丁早年曾想拜归有光为师，对归有光的才华和为人深为佩服。在阅卷中，余有丁十分仔细，反复检查。突然发现一卷文稿文风古朴凝重，可以断定是出自归有光之手。于是大力向主考官高拱推荐。高拱也很佩服归有光的文章和为人，于是顶着很大的压力录取了归有光。历经漫长的磨难后，归有光终于在晚年考中进士，得以一偿自己多年的夙愿。而此时的他早已鬓发皆白，垂垂老矣。
按照惯例，三甲进士都要外放地方任官。选授给归有光的官职是浙江长兴县令（今浙江长兴县），官阶正七品。归有光考虑到自己年老体弱，不适宜长途跋涉，过度操劳，写了份奏折请求改任文学博士之类的闲官，但未获批准。临行前，亲友们纷纷来安慰。 归有光却豁达地说道：“没关系。我为什么不能去做县令？如果天底下的读书人都不愿 去做，又有谁去做县令呢？”
长兴县地处湖山之间，长期没有县令。一切由贪婪的衙吏们把持，官府豪门暗相勾结，弄得民不聊生，盗贼横行，一片乌烟瘴气。有光到后不久，便锐意革除弊端，为民造福。在粮产经济上，归有光大力推行洪武以来江南施行的粮长成法，抑制豪户地主，方便百姓。在治理上，他不畏强暴，不顾刁猾的县吏们阻挡，亲自清理大宗冤案。归有光理讼决狱，不满足于翻看卷宗，而是注重调查，深入民间。审案中，他常常把与案情有关的妇女、小孩等叫来询问。对一切有害百姓的法令如清军法、追究逃欠等都尽量变通 办理。这种施政举措自然招来上司和地方豪强们的不满和忌恨。在他们的极力诋毁下， 归有光在长兴任职不到两年，就被免除职务，改任顺德邢州（今河北省邢台市）通判，管理马政。
隆庆三年（1569年）冬，归有光以邢州副职的身份进京贺万寿节，得到恩师高拱的荐引，提升为南京太仆寺丞（主管马政及畜牧事业的官），后又被留京掌内阁制敕房，修《世宗实录》。这段时光可谓是归有光一生最顺利的时期。归有光自己也踌躇满志， 希望能借此机会在学术上再有所成就。不料竟于隆庆五年（1571年）正月十三罹患重病， 死于任上，年仅六十六岁。后人将他归葬于昆山城，让他回到了生于斯、长于斯的故乡。
归有光死后，他的文学成就得到了世人的认可。与他在文学上论争得最激烈的王世贞也由衷赞叹他的文章自然天成，不事雕琢而自有风味，超然杰出，可为一代名家。
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