实施时间不同：
1999年，国务院批转教育部《面向21世纪教育振兴行动计划》，“985工程”正式启动建设。
1995年11月，经国务院批准后211工程正式启动。
涵盖大学不同：
985大学都是211大学，但211大学不一定是985大学。如清华大学既是985大学又是211大学，苏州大学只是211大学而不是985大学。
建设内容不同：
“985工程”建设任务为机制创新、队伍建设、平台建设、条件支撑和国际交流与合作等五个方面。
“211工程”建设的主要内容包括学校整体条件、重点学科和高等教育公共服务体系建设三大部分。