经过几代人的辛勤耕耘，学校由外语类单科性学校发展成为学科门类齐全、师资力量雄厚、教学设施齐备、办学形式多样、教学质量优良、特色鲜明的全国重点大学。中国农科院甜菜研究所和黑龙江水利专科学校分别于2003年和2004年并入黑龙江大学。
黑龙江大学设置的.学科涵盖文、史、哲、经、法、教、理、工、农、管10个学科门类的本科专业80个，开展的主要学科有：法学、英语、中文、历史、化学、电子、哲学和生物工程等，还设置了全国独一无二的满语专业。
黑龙江大学的传统强项主要集中在语言学、哲学、法学等人文社会科学类专业，其中外语学科在2009年教育部学科排名中位列全国第6位。外语学科中尤以俄语学科最为引人瞩目，几十年来一直位列全国第一位；在理工学科方面，黑龙江大学的理学研究在黑龙江省具有重要地位，是黑龙江省理学人才培养基地。另外尤其突出的是，黑龙江大学的化学学科在2012年进入到ESI全球排名前1%，具有雄厚的科研实力；电子工程、计算机科学技术等专业在全国有一定影响力；档案学与情报管理学科在全国位列上游。