云南农业大学历史可追溯到1907年创办的云南农业学堂，1938年国立云南大学农学院创办，建址昆明市呈贡县；1958年独立建成昆明农林学院，迁址昆明北郊黑龙潭。1962年滇南大学、滇西大学并入昆明农林学院，1969年搬迁至大理州宾川县，1970年迁至原曲靖地区寻甸县，1971年与云南农业劳动大学合并成立云南农业大学，1980年搬回昆明北郊黑龙潭。2004年，云南省建筑工程学校、云南省香料研究开发中心并入云南农业大学。2014年，云南热带作物职业学院并入云南农业大学。
截至2020年12月，学校有校本部和五华校区、普洱校区、西双版纳校区，占地面积3803亩，占地面积253.52万平方米，校舍面积65.31万平方米，教学科研仪器设备总值36911万元；下设22个学院，81个本科专业；有在职教职工1783人，其中高级职称700余人，全日制在校生32620人，成人教育学生7504人，各类留学生近200人。