1985年，南京农业大学就开始招收金融学专业的本科生。1998年，南京农业大学获得金融学硕士学位授予权。2002年，南京农业大学开始招收农村金融专业博士生。2010年，南京农业大学获得金融学博士学位授权点。
2006年金融学专业列为江苏省品牌专业，2010年会计学专业列为江苏省特色专业，2012年金融学专业和会计学专业又成为江苏省重点建设专业，2019年金融学专业入选首批国家级一流本科专业建设点。
金融学院目前拥有金融学博士、金融学硕士、会计学硕士、金融硕士（MF）、会计硕士（MPAcc）等多层次的研究生培养体系，曾为中国农业银行总行、中国人民银行南京分行等举办金融学硕士班，为政府有关部门、银行、保险公司、证券公司、会计师事务所等培养了众多高层次的'金融、会计和审计方面的专业人才。